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26.05.2008
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DNA-Marker in der praktischen Anwendung bei der PIC
Der Hintergrund
Seit den frühen 90er Jahren bis ca. 2004 basierte die Genomforschung auf einer Kandidatengenanalyse. Bei der Kandidatengenanalyse werden jeweils einzelne Gene analysiert, um genetische Marker zu finden, die einen signifikanten Effekt auf ein einzelnes Merkmal haben. Dieses war relativ erfolgreich und führte zu Entdeckungen wie dem LS1-Marker für Wurfgröße, dem PT1-Marker für Wachstum und Magerfleischanteil oder auch dem MQ30-Marker für Fleischqualität. |  |
Seit 2004 wurde dieser Prozess kontinuierlich zu einem Genomscan weiterentwickelt. Mit Hilfe dieses Genomscans können tausende von Markern parallel gescannt und ihr Einfluss auf viele verschiedene Leistungsmerkmale zeitgleich abgeschätzt werden. Dieser neue Ansatz wird als HDG bezeichnet (High Density Genotyping) und ist gleichzusetzen mit der PIC-Genomforschung.
Die HDG-Projekte
Die Arbeit mit HDG begann im Jahr 2004 und umfasst inzwischen eine Datengrundlage von ca. 52 000 DNA-Markern. Rund
3 000 dieser Marker können als "Werkzeugkasten" genutzt werden, um die vielen verschiedenen Linien und Merkmale der phänotypischen PICtraq™-Datenbank mit mehr als 2 Millionen DNA-Proben und 8 Millionen Datensätzen zu analysieren.
Verschiedene HDG-Projekte beschäftigen sich mit verschiedenen Merkmalsgruppen. Die Projekte 1 und 2 zielten darauf ab, Marker für Produktions- und die Robustheitsmerkmale zu finden, während HDG 3 sich mit der Analyse von Erbdefekten beschäftigt.
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Projekt |
Untersuchte Merkmale |
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HDG1 |
Alle routinemäßig verfügbaren Produktionsmerkmale |
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HDG2 |
Verluste/Sterblichkeit |
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HDG3 |
Erbdefekte | |  |
Die bisherigen Ergebnisse
Das aktuelle Resultat der PIC-Genomforschung sind 140 identifizierte Marker, die inzwischen kommerziell in die Reinzuchtlinien eingebunden wurden, um mit Hilfe von BLUP-Zuchtwerten Verlustraten, Produktions- und Reproduktionsmerkmale, Auftreten von Defekte sowie Fleischqualität zu verbessern.
Weitere 62 Marker befinden sich zurzeit im Prüfverfahren. Hier muss noch die endgültige Freigabe abgewartet werden, bevor sie kommerziell eingesetzt werden können. Einige dieser Marker beeinflussen zudem gleich mehrere Merkmale, so dass die Gesamtsumme der genutzten Marker sogar noch größer als 140 ist.
Die Anzahl der DNA-Marker und noch wichtiger, die kommerzielle Einbindung der Marker in das Zuchtprogramm ist seit Beginn des HGD-Projektes exponentiell angestiegen.
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 Die Einbindung der Marker in die Zuchtwertschätzung
Signifikante Marker, die im Verlauf des HDG-Projektes entdeckt werden, werden auf ihre kommerzielle Bedeutung hin geprüft. Daraufhin erfolgt eine weitere routinemäßige Untersuchung ihrer Wirkweise bei ihrer Einbindung in die Weiterentwicklung der Reinzuchtlinien. Darüber hinaus werden die Marker auch überprüft, um unerwartete negative Effekte auf andere Merkmale ausschließen zu können. Nach erfolgreicher Testphase werden die Marker routinemäßig in den Reinzuchtlinien genotypisiert und in der markergestützten BLUP-Zuchtwertschätzung genutzt.
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